智能卡的另一個缺點(diǎn)是并非所有智能卡讀卡器都兼容所有類型的智能卡。有多種類型的智能卡，有些使用非標(biāo)準(zhǔn)協(xié)議進(jìn)行數(shù)據(jù)存儲和卡接口;一些智能卡和讀卡器也使用與其他讀卡器不兼容的專有軟件。

雖然智能卡對于許多應(yīng)用程序來說可能更安全，但它們?nèi)匀蝗菀资艿侥承╊愋偷墓簟？梢酝ㄟ^智能卡技術(shù)從芯片恢復(fù)信息的攻擊。差分功率分析可用于推斷公鑰算法（如RSA）使用的片上私鑰。對稱密碼的一些實(shí)現(xiàn)也易受定時攻擊或差分功率分析的影響。還可以物理地拆卸智能卡以便訪問機(jī)載微芯片。